docs: Reorganización completa del README.md

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**Cambios principales:**

1. **Nueva estructura organizada**:
   - Secciones claramente separadas sin repeticiones
   - Información actualizada y completa
   - Navegación mejorada con separadores

2. **Nuevo contenido agregado**:
   - 🎮 Modos de Funcionamiento (AppMode y SimulationMode)
   - ⚙️ Parámetros de Línea de Comandos (completo)
   - 🐦 Modo BOIDS (documentado)
   - 🖼️ Sistema AppLogo (logo periódico)
   - Tecla O (PNG_SHAPE) agregada

3. **Secciones actualizadas**:
   - Controles: Reorganizados por categoría SIN repeticiones
   - Temas: 15 temas (9 estáticos + 6 dinámicos), 2 páginas
   - Figuras 3D: 9 figuras (incluye PNG_SHAPE)
   - Todas las teclas documentadas (D, Shift+D, K, C, O, P, etc.)

4. **Información eliminada**:
   - Duplicación de "Controles de Temas" (eliminada)
   - Sección de temas repetida (consolidada)
   - Información obsoleta o desactualizada

5. **Mejoras de formato**:
   - Tablas para mejor legibilidad
   - Ejemplos de código con sintaxis
   - Emojis para secciones (navegación visual)
   - Estructura del proyecto actualizada

**Cobertura completa:**
- ✅ AppMode: SANDBOX, DEMO, DEMO_LITE, LOGO
- ✅ SimulationMode: PHYSICS, SHAPE, BOIDS
- ✅ 15 temas con sistema de 2 páginas
- ✅ 9 figuras 3D incluyendo PNG_SHAPE
- ✅ Parámetros CLI: -w, -h, -z, -f, -F, -m
- ✅ Todas las teclas documentadas
- ✅ Sistema AppLogo explicado
- ✅ Modo BOIDS documentado

🤖 Generated with [Claude Code](https://claude.com/claude-code)

Co-Authored-By: Claude <noreply@anthropic.com>

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